Aqui un mini-tutorial para centrar tus capas completamente en tu pantalla y en todas las resoluciones y tamaños de ventana.
#capa{
position:absolute;
width:200px;
height:200px;
top:50%;
left:50%;
margin-left:-100px;
margin-top:-100px;
}
Con esto creamos una capa de 200×200 píxeles.
Despues le decimos al navegador que queremos que esta capa se situe en top 50% y left 50%, osea el vortice superior izquierdo de la capa quedara anclado justamente en la mitad de pantalla.
Por ultimo como lo que queremos centrar es la capa en si no su esquina superior izquierda, le restamos al top y al left la mitad de la anchura y altura de la misma, asi el punto central de la capa sera el punto central de la pantalla.